说洪承畴发掘明孝陵,“尽变本来面目”。入清后,陈之遴很受清摄政王多尔衮器重,多尔衮死后,又得到了顺治皇帝重用。令顺治皇帝开始对陈之遴不满的是京师“大豪”李三事件。李三本名李应试,别号黄膘,因排行老三,又称李三。他是明清交替之际北京城极为传奇的人物,以一介平民的身份,却势焰熏天,玩弄王公重臣于股掌之间。李家世代在明朝中央各部当“书办”案记录工作),李三本人也是书办出身,在明朝犯了重罪,被关在刑部大狱中。刚好明末天下大乱,他乘机逃出,并召集了一部分人,将明朝各部“案例”全部偷回家中藏匿起来。封建时代,法律条文粗略,处理各种案件全凭案例。清朝定都北京之初,凡事都在草创之中。六部创建之后,处理事务没有案例可循,头绪纷繁下,大小官员无不叫苦连天。李三把持了案例,奇货可居,趁机从中渔利,包揽词讼,案犯的生、死、徒、徙,官吏的升、降、奖、惩,钱粮的征、拨、减、免,往往由他片言决断。封疆大吏、朝中重臣为保饭碗,争相辇银输金“购买”案例。几年之间,李三便富可敌国。他在京城大造宅第园林,其规模堪比王公。尤其不可思议的是,他明目张胆地将自己的住所按中央六部的样式修建,分置“吏部”、“户部”、“刑部”等各房。外来人有事某部,即投某部房内。而李三本人则总领各“部”,俨如君临天下的帝王。经过数年经营,李三的势力越来越大,耳目遍布朝野,“明作威福,暗操生杀”。不管是朝廷官吏,还是平民百姓,只要他对谁不满,就立即派人暗杀,官民震慑,莫敢撄锋。顺治八年(1651),李三称霸京城之事渐渐传入大内,顺治皇帝十分震惊,就此事问陈名夏,陈名夏支吾不敢说话。顺治皇帝勃然大怒,立即命步军统领带人将李三逮捕,交刑部审理,刑部也迟迟拖延,不敢开审。顺治皇帝便命王公大臣会同诸大学士审理。审讯时,唯郑亲王济尔哈朗(努尔哈赤弟舒尔哈齐之子)大声诘责李三,其余王公及大学士,如宁完我、陈之遴、陈名夏等皆缄口不言。事后,郑亲王诘问陈之遴,陈之遴说:“李三巨恶,诛之则已,若不正法,之遴必被其害。”(《思益堂日札》)堂堂重臣,如此畏惧一平民,也可谓骇人听闻了。在顺治皇帝的干涉下,李三及其党羽最终被杀。因为之前陈之遴抢先提出要立即处死李三,引发了人们猜疑他是要杀人灭口。在面临郑亲王济尔哈朗调查的压力下,陈之遴终于承认自己与李三有牵连,由此被免除大学士之职,从此失去了顺治皇帝的信任。]