三法司会审,指由刑部主审,都察院、大理寺会审。主审官是刑部尚书桑春荣和皂保,发话讯问的是刑部浙江清吏司郎中刚毅和另一位都察院刑科主事。当时赶到刑部署中观审的官员不计其数,“观者如堵”,后来者连插足的地方都没有。然而在审讯过程中,大堂上下鸦雀无声,众人无不倾耳细听案情经过。可见这一案件当时瞩目的程度。
犯人一带上来,就明显有受过酷刑的痕迹,这一点与之前杨昌浚具题、胡瑞澜上奏中所说的并无刑讯一节显有不符。因为杨乃武的膝盖受刑时受过伤,还没有痊愈,无法下跪,审讯官破例允许他坐在地上回答。杨乃武知道这是他最后的机会,于是就推翻前面的口供,说出了自己案发时根本就不在余杭,后来承认有罪,都是畏刑诬服。
到小白菜时,她开始尚不敢翻供。姿色出众的她虽然一再受刑,很是憔悴,但依旧还是能见到当日风韵。审讯官见她畏惧,料到是怕上刑,便温言安慰,鼓励她照实直说。小白菜终于鼓足勇气,说只以为丈夫病死,不知丈夫是服毒,毒药从哪里来的也不知道,杨乃武并没有给她毒药,二人也无奸情。
其他证人也均据实作证。“钱宝生”母亲姚氏和店伙杨小桥均说药铺从来没有进过砒霜,也没有见过杨乃武。尤其是仵作沈祥供认,验尸时并不能确认葛品连是中砒霜而死。形势急转直下,开始对杨乃武、小白菜有利。为了确认葛品连的死因到底如何,刑部紧急调运葛品连的尸棺到北京,准备重新勘验。路途遥远,为了防止尸棺被调包,刑部进行了严密的防范,派出兵丁押送,并在棺材上贴上封条。