,蔡元培出任院长,杨杏佛为副院长,专门研究教育工作。1928年4月,蔡元培创办并主持中央研究院,这是我国第一个综合性科学研究机构,杨杏佛出任总干事。这一时期,他大力支持社会学者调查上海日商纱厂的女工包身制、调查无锡、保定及东北的农村经济。
1931年他亲自到江西进行了几个星期的实地调查,写成一篇客观的考察报告《TheCommunistSituationinChina》发表在7月19日的英文报纸《字林西报》上,中文本在《民国日报》(7月17日至21日)连载时题目译为《赤祸与中国之存亡》。这篇报告首次向世界报道了中国苏维埃运动实际情况,报告分三部分,第一部分回顾了中国共产主义运动的历史,第二部分报道了8个苏维埃区域的情况,第三部分介绍江西苏区红军成长的过程和三次反“围剿”的状况,结论指出“围剿”只能是治标的办法,只有避免内战,实现真正的三民主义,才能建成独立自由的中国。文章发表后,当局极为震怒,刚刚印好的中文合订本尚未全部分发就被收缴销毁。无疑这篇考察报告在当时产生了极大的影响,美国红色记者斯诺正是看到这篇报告,才激发了亲自去苏区采访的强烈愿望。他在《西行漫记》的注文中还专门提及这篇报告对他的影响。这也是杨杏佛后来遭到暗杀的主要要原因之一。
“九一八”事变后,杨杏佛等人积极主张抗日救亡。1932年1月28日,第十九路军奋起抵抗入侵日军时,杨协助宋庆龄创办国民伤兵医院,救护治疗伤病员,同时集合上海科技人员组织技术合作委员会,帮助军队准备后方工作。
1931年12月29日国民党左翼领袖邓演达被蒋指使特务逮捕后秘密杀害,消息传开,群情激愤。邓演达之死作为蒋的秘密特工侵犯公民权利的又一个例子,使反对政府侵犯人权的斗争更加激烈了。加上对蒋介石一派消极抗日的不满,1932年夏,与宋庆龄、蔡元培等在上海筹备组织中国民权保障同盟,这是一个专门保护与营救所有抗日爱国“政治犯”,争取人民言论、出版、集会、结社等自由的爱国团体。同年12月,同盟正式成立,任总干事。主持日常工作,反对蒋介石攘外必先安内的反动政策,参与组织营救被非法逮捕的共产党员和其他爱国民主人士。次年1月17日,同盟上海分会成立时,任执行委员。1月下旬又去组织同盟北平分会,并考察北平各监狱及被关押的政治犯生活情况,呼吁废止种种侵害人权的反动法律、法令。3月,与宋庆龄等一起推动上海20多个进步团体组
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